Trong 35 năm qua, Viện đã hợp tác với các trung tâm nghiên cứu lớn của quân đội và quốc gia để thực hiện trên 300 đề tài nghiên cứu khoa học (NCKH) các cấp; trong đó, có 7 đề tài, chương trình cấp Nhà nước, 2 đề tài hợp tác quốc tế, 40 đề tài cấp Bộ. Qua đó, năng lực NCKH của Viện không ngừng phát triển.
Đến nay, Viện đã đào tạo được 11 khoá cao học chuyên ngành YHCT với 136 học viên; 19 khoá bác sĩ với 432 học viên; 22 khoá y sĩ với 919 học viên. Toàn bộ học viên sau khi tốt nghiệp đã về các đơn vị trong và ngoài quân đội công tác, góp phần nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh, NCKH và phát triển YHCT tại các tuyến.
Qua những nỗ lực đầu tư về mọi mặt nhằm phát triển đơn vị, ngày 07/11/2011, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã giao quyết định đào tạo tiến sĩ chuyên ngành YHCT cho Viện. Tháng 8/2012, khoá tiến sĩ YHCT đầu tiên với 6 học viên đã được chiêu sinh. Hiện nay, Viện đang tuyển sinh khoá 2.
Viện đã tạo ra được trên 60 chủng loại thuốc. Hàng năm, đơn vị sản xuất trên 100 tấn dược phẩm các loại phục vụ điều trị nội và ngoại trú dưới dạng: viên hoàn, viên nang, viên nén, cao lỏng, chè tan, thuốc bột...
